CUT&Tag作为一种染色质分析技术，以其灵敏度高、背景低、操作便捷而广受欢迎。然而，许多刚接触这一技术的新手可能会感到迷茫：如何快速上手并成功完成CUT&Tag实验？本文为CUT&Tag新手提供详细的入门指南，涵盖了实验设计、试剂选择、实验步骤及数据分析，帮助您轻松开启CUT&Tag分析之路。

一、明确实验目标与设计

在启动实验前，首先需要明确研究目的：

1、研究的染色质靶点（组蛋白修饰或转录因子）

2、样本类型与细胞数量（推荐从1000-5000个细胞起步）

3、控制组选择（IgG抗体或输入样本）

明确以上要素后，即可进行下一步的具体实验设计。

二、必备试剂与耗材清单

CUT&Tag分析成功的关键是选择合适的试剂和耗材，以下为基础必备材料：

1、关键试剂

（1）一抗（Primary Antibody）：高特异性，推荐ChIP-grade抗体。

（2）蛋白A/G-Tn5转座酶：核心酶复合物，推荐选用专业品牌，如百泰派克生物科技提供的高效稳定Tn5融合蛋白。

（3）透化缓冲液与活化缓冲液：推荐使用商业试剂盒以减少误差和提高稳定性。

2、耗材准备

（1）低吸附管（low-bind tubes）

（2）PCR管（兼容qPCR与高通量测序）

（3）PCR试剂盒（高保真DNA聚合酶）

（4）DNA纯化试剂盒

三、CUT&Tag实验详细步骤解析

下面逐步解析CUT&Tag分析的关键步骤，帮助新手快速上手：

第一步：细胞样本处理与透化

收集细胞，推荐以PBS缓冲液洗涤1-2次，悬浮于透化缓冲液中孵育10分钟，使细胞膜透化，便于抗体进入细胞核。

第二步：特异性一抗孵育

加入特异性一抗，4℃孵育1-2小时或过夜，确保抗体充分结合靶蛋白。

第三步：蛋白A/G-Tn5偶联酶复合物孵育

加入蛋白A/G-Tn5融合酶，室温或4℃孵育1小时，使复合物精准靶向定位到染色质目标区域。

第四步：转座反应（染色质片段化与标记）

加入Mg²⁺激活缓冲液，反应温度37℃，反应时间通常为5-10分钟。短时间的孵育确保高效且精准的片段化，避免过度剪切。

第五步：DNA释放与PCR扩增

加入蛋白酶K并短暂加热（50-55℃孵育30分钟，随后95℃孵育10分钟），释放标记好的DNA片段。使用PCR反应对标记好的DNA片段进行扩增，推荐高保真DNA聚合酶进行扩增，避免PCR引入的突变或偏差。

四、CUT&Tag测序与数据分析入门

CUT&Tag分析成功后，得到的DNA片段需要进行高通量测序与分析。数据分析一般包括以下步骤：

1、测序平台选择

常用Illumina平台进行高通量测序，推荐测序深度为每个样本1000万-2000万reads即可满足多数分析需求。

2、数据质控（Quality Control）

使用FastQC、MultiQC工具进行数据质量检测和评估。

3、数据比对与峰值（Peak）鉴定

常用的软件包括：

（1）Bowtie2/BWA：进行测序片段比对至参考基因组。

（2）MACS2：CUT&Tag常规使用的峰值检测工具。

4、下游分析与可视化

使用Integrative Genomics Viewer（IGV）可视化峰值和染色质分布情况。使用差异分析工具，如DESeq2或EdgeR，分析不同条件或细胞群体之间的表观遗传差异。

五、新手常见问题

1、实验背景过高怎么办？

尽可能减少反应时间，尤其是转座反应环节。使用经验证的高质量抗体，避免非特异结合。

2、扩增效率低，文库DNA浓度不足？

可适当增加PCR循环次数（一般10-15个循环足够）。检查蛋白A/G-Tn5酶的活性及实验步骤的正确性。

为帮助科研人员高效开展CUT&Tag分析，百泰派克生物科技精心优化实验流程，提供高质量的CUT&Tag技术支持：

• 提供高纯度蛋白A/G-Tn5融合酶，确保实验稳定性和高效性。
• 严格质控的抗体库，专为CUT&Tag实验优化设计。
• 全面的技术支持服务，协助新手迅速排除实验障碍，快速获得可靠数据。

新手科研人员只需遵循上述步骤，结合高质量的试剂与技术支持，便可轻松完成从实验设计到数据分析的全流程。百泰派克生物科技致力于为科研人员提供精准可靠的CUT&Tag分析服务，帮助科研人员顺利开启表观遗传学研究新篇章。从现在起，和百泰派克生物科技一起，迈出CUT&Tag研究第一步，开启更高效、更精准的表观遗传探索之路吧！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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